Вот уже месяц отец Иоанн находился в тюрьме на Лубянке. Чекисты пришли к нему ночью, устроили обыск, а потом, ничего не объясняя, в «чёрном воронке» увезли на Лубянку. Хотя отцу Иоанну и так всё было понятно. Шёл тысяча девятьсот пятидесятый год, и жизнь «советского» священнослужителя была беспокойной и опасной. Церковь подвергалась страшным гонениям, верующих ссылали в лагеря, а во многих храмах имелись осведомитель, а то и несколько.

Отца Иоанна вызывали на мучительно долгие допросы, надеясь вырвать признание в антисоветской агитации. На одном из них, когда от усталости священник уже начал терять нить идущего по одному и тому же кругу разговора, следователь, словно бы между прочим, сказал:

— А сейчас сюда придут товарищи, которые дали против вас показания — проведём очную ставку!

Дверь камеры распахнулась, и на пороге появился... священник, несколько лет прослуживший на приходе вместе с отцом Иоанном! Увидев родное лицо, арестованный радостно вскочил, крепко обнял доносчика, и расцеловал его. От неожиданности тот рухнул в обморок...

...Ни тюрьма, ни лагерь не сломили горячей веры отца Иоанна. И о доносчике он вспоминал без тени злобы и обиды, и даже написал письмо своим прихожанам, в котором просил ни в коем случае ему не мстить. Вскоре отец Иоанн принял монашеский постриг и стал жить в Псково-Печёрском монастыре. Всех, кто приходил к нему за советом, старец Иоанн (Крестьянкин) принимал с любовью, и говорил: «Молитесь за врагов ваших, и вы почувствуете, как легко станет у вас на душе. Простите с любовью обидчика и врага — и двери радости распахнутся для вас».