В 1903-м году на должность миссионера Новгородской епархии был назначен отец Варсонофий (мирское имя Василий Павлович Лебедев). Он всецело посвятил себя служению миссионерскому делу.

Староверческие селения, где проповедовал отец Варсонофий, находились на больших расстояниях друг от друга. Это было существенным препятствием для их частого посещения и регулярных бесед с приверженцами раскола. Но иеромонах Варсонофий точно распределил, сколько раз и в какое время он будет посещать тот или иной населённый пункт, и неизменно следовал поставленным целям.

Отец Варсонофий часто сам проводил богослужения по древним книгам, а также беседовал лично с приверженцами старой веры, заходя к ним в дома. В скором времени это стало приносить ощутимые результаты: нетерпимость утрачивала свою силу, оживал интерес к местным памятникам православной старины, всё более частыми становились случаи присоединения староверов к православию.

Благодаря миссионерской деятельности отца Варсонофия уменьшалось число раскольничьих скитов и появлялось всё больше единоверческих храмов, прихожане которых, будучи сторонниками древних богослужебных чинов, становились полноценными членами Церкви.

В 1904-ом году, обращаясь к новым прихожанам, отец Варсонофий сказал: «Вы воссоединяетесь со святой Православной Восточной Церковью на правах единоверия, то есть соблюдая в неприкосновенности некоторые церковные обычаи и обряды. Да не смущается сердце ваше! Это несущественное различие. Оно всегда бывало в Церкви, но никогда не давало права нарушать из-за него церковный мир и общение...»

6-го мая 1902-го года Священный Синод за миссионерскую деятельность наградил иеромонаха Варсонофия наперсным крестом. В 1909-м году, уже будучи в сане архимандрита, отец Варсонофий издаёт книгу «Беседы с новгородскими сектантами пашковцами-баптистами». (Так называли приверженцев секты, отрицавшей церковную иерархию, таинства, почитание икон и святых и получившей свое название по имени её руководителя Пашкова). Эта книга стала руководством для духовенства при подготовке бесед с сектантами, а мирян ограждала от увлечения лжеучениями.

Усердное служение архимандрита Варсонофия привело к расширению миссионерского дела в Новгородской епархии. Были организованы постоянно действующие курсы, на которых священнослужители делились своим миссионерским опытом, определяли меры, которые помогали строить жизнь на началах православной веры. Такие курсы проводились и для мирян.

Один из современников так охарактеризовал личность отца Варсонофия: «К обращению уклоняющихся от спасительного пути были направлены его труды. С этой же целью он стремился и к расширению своего миссионерского опыта участием в миссионерских всероссийских съездах... Отец Варсонофий вынесенные отсюда познания ценил не как средство одолеть противника в споре, а как средство с большим умением и сильнее влиять и на раскольников, изводя их из тьмы неведения, и на колеблющихся православных, укрепляя их в вере отцов».