На пороге выпуска двадцатичетырёхлетний студент Санкт-Петербургской духовной академии Иван Касаткин прочитал в ректорате объявление, что в Японии будет организована православная миссия, и требуется человек, который её возглавит. Юноша услышал в этом призыв отправиться в далёкую страну и проповедовать там Христа. Он выдержал конкурс, принял монашество с именем Николай, затем священный сан, и второго июня 1861 года вышел на берег в японском порту Хокадатэ, полон планов и надежд.

Позднее Николай писал об этом так: «Япония рисовалась в моём воображении как невеста, поджидавшая моего прихода с букетом в руках. Вот пронесется в её тьме весть о Христе, и все обновится...». Но реальность оказалась иной. Миссионер обнаружил, что проповедь Евангелия в этой стране практически невозможна. Христианство здесь было под запретом, и японцу, который его принимал, грозила смертная казнь. К тому же местные жители крайне нетерпимо относились ко всем иностранцам. Но отец Николай не впал в уныние, а ревностно принялся за изучение японского языка, местных обычаев и верований. «Вначале завоевать любовь, а потом нести Слово», – эти слова стали его жизненным принципом.

Преодолевать агрессивную отчуждённость японцев бывало непросто. Встречаясь на приёмах у консула со жрецом синтоистской кумирни Такумой Савабе, иеромонах Николай ловил на себе его полный ненависти взгляд. Однажды он не выдержал и спросил.

Николай Японский:

За что ты на меня так сердишься?

Такума Савабе:

Вас, иностранцев, нужно всех перебить. Вы пришли захватить нашу землю. А ты со своей проповедью больше всего вредишь Японии.

Николай Японский:

А ты разве уже знаком с моим учением?

Такума Савабе:

Нет.

Николай Японский:

А разве справедливо осуждать кого-нибудь, не выслушав его? Разве честно хулить то, чего не знаешь? Ты сначала выслушай да узнай, а потом и суди. Если моё учение будет худо, тогда и прогоняй нас отсюда.

Слова иеромонаха потрясли самурая. Он спросил позволения встретиться с отцом Николаем вновь и продолжить беседу. Вскоре Савабе привёл к иеромонаху Николаю своего друга. Японцы стали самостоятельно проводить катехизаторские беседы, и к весне 1868 года в Хокадатэ уже было около двадцати человек, готовых принять крещение.

6 апреля 1870 года в Японии официально открылась духовная миссия, и её начальником стал Николай Касаткин, теперь уже архимандрит. Миссионерский центр был перенесён в Токио. Антихристианские указы были отменены, и проповедь стала открытой. В 1875 году был рукоположен первый священник-японец – тот самый Такума Савабе, в крещении Павел. Ещё через три года их стало уже шестеро. Всего же православных в христиан в Японии было на тот момент более четырёх тысяч человек.

Так родилась Японская православная церковь, и Николай Касаткин стал её первым епископом. Он служил, проповедовал, трудился над переводами книг на японский язык. Во время русско-японской войны святитель пренебрёг возможностью выехать в Россию и остался со своей паствой. Любовь японцев к нему росла с каждым годом.

Протоиерей Иоанн Восторгов, посетивший страну восходящего солнца в 1909 году, писал: «Не было человека в Японии, который пользовался бы такой известностью. В Токио не нужно было спрашивать, где русская православная миссия, довольно было сказать одно слово «Николай», и каждый рикша сразу знал, куда нужно доставить гостя. И православный храм назывался «Николай», и даже само православие называлось этим именем. Путешествуя по стране в одежде русских священников, мы встречали ласковые взоры, и в словах привета на непонятном языке улавливали одно знакомое и дорогое: «Николай».

Сам же святитель оценивал своё служение как исполнение Воли Божией. «Разве есть какая-нибудь заслуга у сохи, которой крестьянин вспахал поле?», – говорил владыка помощнику, епископу Сергию (Тихомирову) незадолго до своей кончины, которая произошла в 1912 году.

На похоронах святителя Николая погребальная процессия из православных японцев растянулась на несколько километров. И уже трудно было представить, что ещё совсем недавно христианская миссия в этой стране казалась невозможной.